法人が株式譲渡したときの税金｜売却益と消費税の扱い

法人が保有株式を譲渡した場合、売却対価と税務上の帳簿価額等との差額を会社の所得へ反映します。個人株主の20.315％とは計算が異なり、消費税上の有価証券譲渡も別途確認が必要です。

売却対価から譲渡原価と直接費用を差し引き、他の事業損益と合わせて法人税等を計算します。

税務簿価、直接費用、消費税への影響、欠損金、回収条件を会社の決算着地へ反映します。 制度の適用は取引条件で変わるため、契約前と申告前に税理士等へ確認してください。

法人の株式譲渡益は会社所得へ合算する

売却対価から譲渡原価と直接費用を差し引き、他の事業損益と合わせて法人税等を計算します。

確認ポイント：個人の申告分離課税率を法人へ使わない

『法人の株式譲渡益は会社所得へ合算する』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 個人の申告分離課税率を法人へ使わない

この論点では『個人の申告分離課税率を法人へ使わない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

売却あり・なしの決算着地を比較します

売却あり・なしの決算着地を比較します。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『法人の株式譲渡益は会社所得へ合算する』の数字も更新します。

法人の有価証券譲渡損益は、原則として譲渡契約が成立した日に計上します。相対取引では売買契約の成立日などを確認します。

出典：国税庁 法人税基本通達『有価証券の譲渡による損益』

譲渡原価は税務上の帳簿価額を確認する

複数回取得、組織再編、評価損、減損などがある場合、会計簿価と税務簿価が異なることがあります。

確認ポイント：決算書の投資有価証券残高だけで決めない

『譲渡原価は税務上の帳簿価額を確認する』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 決算書の投資有価証券残高だけで決めない

この論点では『決算書の投資有価証券残高だけで決めない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

有価証券台帳と税務申告別表を照合します

有価証券台帳と税務申告別表を照合します。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『譲渡原価は税務上の帳簿価額を確認する』の数字も更新します。

法人の有価証券譲渡損益は、原則として譲渡契約が成立した日に計上します。相対取引では売買契約の成立日などを確認します。

出典：国税庁 法人税基本通達『有価証券の譲渡による損益』

売却日と損益計上時期を契約から判定する

契約締結、株券引渡し、名義書換、代金決済の条件を確認し、譲渡年度を確定します。

確認ポイント：入金日だけで計上日を決めない

『売却日と損益計上時期を契約から判定する』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 入金日だけで計上日を決めない

この論点では『入金日だけで計上日を決めない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

クロージング条件と実行記録を保存します

クロージング条件と実行記録を保存します。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『売却日と損益計上時期を契約から判定する』の数字も更新します。

法人の有価証券譲渡損益は、原則として譲渡契約が成立した日に計上します。相対取引では売買契約の成立日などを確認します。

出典：国税庁 法人税基本通達『有価証券の譲渡による損益』

仲介・FA費用の処理を業務内容で分ける

成功報酬、株価算定、契約助言、デューデリジェンスなどの性質と負担者を確認します。

確認ポイント：M&A関連費用を全額同じ処理にしない

『仲介・FA費用の処理を業務内容で分ける』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 M&A関連費用を全額同じ処理にしない

この論点では『M&A関連費用を全額同じ処理にしない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

請求内訳を取得して勘定科目を決めます

請求内訳を取得して勘定科目を決めます。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『仲介・FA費用の処理を業務内容で分ける』の数字も更新します。

中小M&Aでは、支援業務の範囲、手数料、利益相反への対応を契約前に確認し、税理士や弁護士などの専門家と連携することが重要です。

出典：中小企業庁『中小M&Aガイドライン』

関連記事事業譲渡と株式譲渡の税金を比較する

消費税では有価証券の譲渡を別区分する

株式の譲渡は消費税の非課税取引ですが、課税売上割合の計算などへ影響する場合があります。

確認ポイント：非課税だから消費税申告に無関係と決めつけない

『消費税では有価証券の譲渡を別区分する』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 非課税だから消費税申告に無関係と決めつけない

この論点では『非課税だから消費税申告に無関係と決めつけない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

当期全体の消費税試算へ反映します

当期全体の消費税試算へ反映します。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『消費税では有価証券の譲渡を別区分する』の数字も更新します。

課税売上割合は課税売上高を総売上高で割って計算します。有価証券等の譲渡対価は、一定の計算上、その5％相当額を総売上高へ加えます。

出典：国税庁 No.6405『課税売上割合の計算方法』

繰越欠損金とグループ関係を確認する

欠損金の利用制限や関係会社取引、組織再編の経緯により課税所得への影響が変わります。

確認ポイント：赤字会社なら譲渡益が全て相殺できると考えない

『繰越欠損金とグループ関係を確認する』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 赤字会社なら譲渡益が全て相殺できると考えない

この論点では『赤字会社なら譲渡益が全て相殺できると考えない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

株式取得から売却までの資本関係を整理します

株式取得から売却までの資本関係を整理します。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『繰越欠損金とグループ関係を確認する』の数字も更新します。

繰越欠損金は税務上の要件と法人区分を確認し、古い事業年度のものから順に損金算入します。

出典：国税庁 法人税基本通達『欠損金の繰越し』

売却代金の回収条件を資金繰りへ反映する

分割払い、アーンアウト、留保金がある場合、会計・税務上の認識と実際の入金がずれることがあります。

確認ポイント：未回収対価を納税資金として見込まない

『売却代金の回収条件を資金繰りへ反映する』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 未回収対価を納税資金として見込まない

この論点では『未回収対価を納税資金として見込まない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

税額と入金時期を月別に並べます

税額と入金時期を月別に並べます。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『売却代金の回収条件を資金繰りへ反映する』の数字も更新します。

中小M&Aでは、支援業務の範囲、手数料、利益相反への対応を契約前に確認し、税理士や弁護士などの専門家と連携することが重要です。

出典：中小企業庁『中小M&Aガイドライン』

税引後の再投資可能額を取締役会で決める

法人税等、消費税影響、専門家費用、運転資金を差し引いて余剰額を確定します。

確認ポイント：売却代金全額を次の投資へ回さない

『税引後の再投資可能額を取締役会で決める』は、契約書や明細に書かれた事実から判定します。 売却代金全額を次の投資へ回さない

この論点では『売却代金全額を次の投資へ回さない』ことが重要です。法人株式譲渡税額表には、採用した金額と根拠資料を並べ、経営者、経理担当、買主、税理士に関する入出金や税額を当事者別に記載します。

申告見込更新後に投資上限を決議します

申告見込更新後に投資上限を決議します。 法人株式譲渡税額表では確定額と未確定額を分けて管理する

確認結果は法人株式譲渡税額表へ反映し、売却年度の申告・納付までに条件が変わった場合は『税引後の再投資可能額を取締役会で決める』の数字も更新します。

法人税率は法人区分と所得金額で異なります。法人住民税や法人事業税も含め、会社の実効的な負担を試算します。

出典：国税庁 No.5759『法人税の税率』

法人が株式を譲渡したときの税金についてよくある質問