法人税制改正 2026｜中小企業の変更点と実務対応【令和8年度】

「2026年の法人税制改正で、結局うちの会社は何が変わるのか」。改正項目の一覧は各所で公開されていますが、自社の設備投資や決算にどう効くのかまで落とし込めている資料は多くありません。特に設備を買う予定がある会社ほど、判断を先送りしにくい状況です。

中小企業への影響が大きいのは、少額減価償却資産の特例が40万円未満へ拡充されること、中小企業経営強化税制の取得価額要件が見直されること、そして2026年4月1日以後に開始する事業年度から防衛特別法人税が課されることの3点です。設備の取得時期によって使える制度が変わるため、決算期と発注時期の確認が先になります。

法人税制改正 2026で中小企業に関係する変更点の全体像

令和8年度（2026年度）の税制改正は、設備投資の後押しと防衛財源の確保という2つの方向が同時に動いた点が特徴です。中小企業にとっては、使える制度が広がる項目と、負担が増える項目の両方が含まれます。

設備投資まわりは「使える枠が広がる」方向で動いた

少額減価償却資産の特例が40万円未満へ広がったことで、 1件あたり30万円台の設備を年度内に全額損金にできる 余地が生まれました。パソコン、業務用什器、周辺機器など、これまで30万円の壁を意識して仕様を落としていた買い方を見直せます。ただし年間合計300万円という上限は据え置かれているため、枠の使い方の優先順位は今まで以上に重要になります。

対象になるのは青色申告書を提出する中小企業者等で、常時使用する従業員数の基準を満たす必要があります。資本金の規模だけで判断せず、従業員数と申告方法の両方を確認してください。

防衛特別法人税は黒字法人にとって実質的な負担増になる

基準法人税額から年500万円の基礎控除額を差し引いた残額に4％が課されるため、 法人税額が年500万円以下なら税額は生じません 。一方で、それを超える利益が出ている会社は、法人税・地方法人税・住民税・事業税に加えてもう一段の負担が乗ることになります。

税額が0円になる場合でも、対象となる法人は確定申告書の提出が必要です。納付がないことと申告が不要であることは別の話なので、決算スケジュールに申告書の追加を織り込んでおく必要があります。

改正の影響は「決算期」と「取得時期」で分かれる

同じ設備を買っても、 事業供用日が2026年4月1日の前か後かで適用できる制度が変わります 。3月決算の会社と、9月・12月決算の会社では、改正が効いてくる事業年度が1年ずれることもあります。

自社の決算月を起点に、どの事業年度から新しい基準になるのかを最初に確定させてください。ここを取り違えると、この記事の他の判断もすべてずれます。

自社の決算月を起点に、どの事業年度から新しい基準になるのかを最初に確定させてください。ここを取り違えると、この記事の他の判断もすべてずれます。

出典： 財務省｜令和8年度税制改正の大綱の概要

少額減価償却資産の特例が40万円未満へ拡充される

中小企業者等が取得した少額の減価償却資産について、取得価額の基準が30万円未満から40万円未満へ引き上げられます。年間合計300万円までを限度に、取得した事業年度で全額を損金算入できる仕組みそのものは変わりません。

対象になる会社の条件は資本金だけでは決まらない

青色申告書を提出する中小企業者等であることに加えて、 常時使用する従業員数が400人以下であること が条件です。出資金等が1億円を超える組合等については300人以下とされています。資本金1億円以下という感覚だけで判断すると、従業員数の基準で外れる可能性があります。

パート・アルバイトを含めた常時使用する従業員の数え方は、実務上の判断が分かれやすい部分です。人数が基準の前後にある会社は、適用前に顧問税理士へ確認しておくと安全です。

年間300万円の上限は据え置かれている

1件あたりの基準が40万円未満へ広がっても、 その事業年度に適用できる合計額は300万円までです 。300万円を超える部分は通常の減価償却に戻るため、どの資産にこの枠を使うかで当期の損金額が変わります。

耐用年数が長い資産ほど、通常の減価償却では損金化に時間がかかります。枠が限られているなら、耐用年数の長い資産から優先して特例に充てるほうが、当期の効果は大きくなります。

適用には申告書への添付書類が必要になる

法人の場合、法人税の確定申告書に所定の別表と適用額明細書を添付する必要があり、 添付が漏れると特例そのものが使えません 。経理処理として費用計上していれば足りる、という制度ではありません。

また、中小企業経営強化税制のE類型（経営規模拡大設備）の適用を受ける場合、その投資計画の期間中はこの特例を使えません。両方を検討している会社は、先にどちらを取るかを決める必要があります。

40万円未満の基準が適用されるのは2026年4月1日以後に取得する資産です。それより前に取得した資産は、従来どおり30万円未満が基準になります。同じ事業年度の中で基準が切り替わる会社もあるため、資産台帳では取得日の管理が重要になります。

出典： 中小企業庁｜少額減価償却資産の特例

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中小企業経営強化税制の取得価額要件と適用期限

設備投資で大きな損金を作る制度としては、中小企業経営強化税制が中心にあります。経営力向上計画の認定を受けたうえで対象設備を取得すると、即時償却または取得価額の10％（資本金の額等が3,000万円超の法人は7％）の税額控除を選択適用できます。

C類型は廃止され、現在はA・B・D・Eの4類型になっている

デジタル化設備のC類型は2025年4月1日をもって廃止されており、 現在使えるのはA・B・D・Eの4類型です 。古い解説記事ではA類型とB類型の2つだけで説明されていることがありますが、経営資源集約化設備のD類型と経営規模拡大設備のE類型が加わっています。

どの類型を使うかで、事前に取得すべき書類と関与する相手が変わります。A類型は設備メーカー経由で工業会等の証明書を取り、B・D・E類型は税理士または公認会計士の事前確認を経て経済産業局へ申請します。

工具・器具備品の取得価額要件が引き上げられる

令和8年度改正では、この制度の工具および器具備品について、 取得価額要件が30万円以上から40万円以上へ引き上げられます 。少額減価償却資産の特例が40万円未満へ広がることと表裏の関係にあり、40万円を境に使う制度が切り替わる形になります。

機械装置は160万円以上、建物附属設備は60万円以上、ソフトウェアは70万円以上という金額基準が設けられています。設備の種類ごとに基準が異なるため、見積書の単位で判定してください。

適用期限は2027年3月31日で、証明書は取得前に申請する

この制度の適用期限は2026年度末（2027年3月31日）までとされており、 工業会等の証明書や経済産業大臣の確認書は設備の取得前に申請する必要があります 。設備を買ってから手続きを始めても、原則として間に合いません。

納期の長い設備ほど、証明書の取得と計画認定にかかる期間を逆算した発注計画が必要になります。期末間際に決めた設備投資が制度に乗らないのは、この順番を守れないことが原因になりやすい部分です。

納期の長い設備ほど、証明書の取得と計画認定にかかる期間を逆算した発注計画が必要になります。期末間際に決めた設備投資が制度に乗らないのは、この順番を守れないことが原因になりやすい部分です。

出典： 中小企業庁｜中小企業経営強化税制

特定生産性向上設備等投資促進税制が新設される

令和8年度改正では、大規模な設備投資を後押しする制度として特定生産性向上設備等投資促進税制が新設されます。投資計画における年平均の投資利益率が15％以上であることなどを要件に、即時償却または税額控除を選択できます。

中小企業でも投資規模の要件を満たせば対象になる

投資規模の要件は原則として大きく、 中小企業等については5億円以上という水準が示されています 。通常の設備更新で届く金額ではありませんが、工場の新設や大型ラインの入れ替えを予定している会社では検討対象になります。

措置の内容は即時償却または税額控除の選択適用で、税額控除の限度額は当期の法人税額の20％とされ、限度を超えた部分は繰り越せる仕組みが設けられています。

中小企業経営強化税制とは併用できない

この制度の確認を受けた投資計画の期間中は、 中小企業経営強化税制の適用を受けることができません 。どちらか一方を選ぶ設計になっているため、投資規模が中間帯にある会社ほど事前の比較が必要です。

投資額、対象設備の範囲、手続きにかかる期間、税額控除の上限をそろえて比較し、税引後の手残りで判断してください。損金額の大きさだけを比べると判断を誤ります。

投資額、対象設備の範囲、手続きにかかる期間、税額控除の上限をそろえて比較し、税引後の手残りで判断してください。損金額の大きさだけを比べると判断を誤ります。

出典： 財務省｜令和8年度税制改正の大綱の概要

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防衛特別法人税が2026年4月から課される

防衛財源の確保を目的とした防衛特別法人税が、2026年4月1日以後に開始する事業年度から課されます。法人税額そのものに上乗せされる付加税の形をとります。

計算は「基準法人税額から500万円を引いて4％」で考える

基準法人税額が年500万円以下であれば課税標準は生じないため、 税額が発生するのは法人税額が年500万円を超える会社です 。法人税額が500万円というのは、おおまかには課税所得が2,000万円台に乗ってくる規模が目安になります。

ただし、実際の税額は課税所得だけでなく、税額控除の適用状況によっても変わります。税額控除を使って法人税額を下げると、防衛特別法人税の課税標準も連動して下がる関係にあります。

税額が0円でも申告書の提出は必要になる

対象となる法人は、計算の結果として税額が0円になる場合でも、 確定申告書を提出する義務があります 。納税額の有無と申告義務の有無は別に判断されます。

決算・申告の作業量が増えるため、顧問税理士との事前の打ち合わせで、対応する申告書の様式と提出時期を確認しておくとスムーズです。

賃上げ促進税制の見直しで中小企業に残る措置

賃上げ促進税制は、企業規模ごとに異なる見直しが入りました。中小企業にとっては、引き続き使える制度として残る一方で、上乗せ措置の内容には変更が示されています。

大企業向けの措置は2026年3月末で廃止される

大企業向けの措置については、 令和8年3月31日をもって廃止されることが示されています 。中堅企業向けの措置についても、令和9年3月31日をもって廃止とされています。

自社がどの区分に当たるかは、資本金や従業員数などの基準で判定します。中堅企業の区分に該当する会社は、適用できる期間が限られる点を計画に織り込んでください。

中小企業向けは存続するが、上乗せ要件は確認が必要

中小企業向けの措置は引き続き利用できる方向ですが、 上乗せ措置の要件は改正内容の確定を待って確認する必要があります 。給与総額の増加率や教育訓練費の扱いは、適用年度によって判定が変わり得ます。

賃上げ促進税制は税額控除の制度であり、控除しきれない額を繰り越せる仕組みが設けられています。赤字が続いている会社でも、将来の黒字化を見込むなら要件の確認には意味があります。

研究開発税制の拡充とインボイス2割特例の終了

設備投資以外にも、開発費用と消費税の実務に影響する改正があります。研究開発税制は拡充される一方、インボイス制度の経過措置は終了時期を迎えます。

研究開発税制は重点分野で控除率が引き上げられる

AI・量子・バイオなどの戦略技術領域に係る試験研究費について、 40〜50％という高い税額控除率が設けられます 。控除の上限は当期の法人税額の10％とされ、一般型とは別枠の位置づけになります。

中小企業技術基盤強化税制についても、控除限度額を超えた部分を繰り越せる措置が示されています。自社の開発費用が試験研究費に当たるかどうかは、費用の内容と記録の残し方で判断が分かれます。

インボイスの2割特例は2026年9月末で終了する

免税事業者から課税事業者になった小規模事業者向けの2割特例は、 2026年9月30日をもって終了します 。終了後は、原則課税か簡易課税かを改めて選び直す必要があります。

自社が課税事業者として影響を受けるだけでなく、取引先である小規模事業者の負担が変わる点にも注意が必要です。仕入先の価格改定の申し出が増える可能性があります。

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法人税制改正 2026を踏まえた設備投資の判断手順

改正項目を並べただけでは実務は動きません。自社の設備投資に落とし込むときは、次の順序で確認すると判断がぶれにくくなります。

金額の区分で使える制度がほぼ決まる

1件あたりの取得価額を10万円未満・20万円未満・40万円未満・それ以上に区分すると、 検討すべき制度は自動的に絞り込めます 。40万円以上の設備で大きな損金を作りたい場合に、初めて経営強化税制の手続きが視野に入ります。

見積書の単位ではなく、資産として計上する単位で判定します。付随費用を含めるかどうかで40万円の境界をまたぐこともあるため、取得価額の考え方は事前に確認してください。

手続きにかかる期間から逆算して発注時期を決める

経営強化税制を使うなら、 証明書や確認書の取得と計画認定を設備の取得前に終わらせる必要があります 。期末の1か月前に検討を始めても、書類がそろわないまま決算日を迎えることになります。

納期の長い設備、証明書の発行に時間がかかる設備ほど、前倒しの検討が必要です。決算対策としての設備投資は、決算の3〜6か月前から動くのが現実的な線になります。

損金額ではなく税引後の手残りで比べる

即時償却は課税の繰り延べであり、 税金が消えるわけではなく将来の減価償却費が前倒しになるだけです 。翌期以降は損金が減るため、利益が続く会社では税負担が後ろにずれる形になります。

税額控除は税額そのものを減らす一方、控除の上限があります。どちらが有利かは、当期と翌期以降の利益見込み、資金繰り、設備の使用期間によって変わります。

法人税制改正 2026に関するよくある質問

改正内容を実務へ落とし込むときに、相談として多く寄せられる論点をまとめます。

法人税制改正 2026はいつから適用されますか？

項目ごとに適用開始が異なり、 資産の取得日で判定するものと事業年度の開始日で判定するものがあります 。

項目ごとに異なります。少額減価償却資産の特例の40万円未満という基準は2026年4月1日以後に取得する資産から、防衛特別法人税は2026年4月1日以後に開始する事業年度から適用されます。自社の決算期によって、影響が出る事業年度が1年ずれることがあります。

少額減価償却資産の特例は40万円ちょうどの資産にも使えますか？

基準は40万円未満であるため、 40万円ちょうどの資産は対象外です 。

使えません。基準は40万円「未満」であるため、取得価額が40万円ちょうどの資産は対象外です。この場合は通常の減価償却か、要件を満たせば中小企業経営強化税制などの検討に移ります。

防衛特別法人税は赤字の会社にも課されますか？

法人税額がなければ税額も生じませんが、 対象法人は税額が0円でも申告書の提出が必要です 。

課税所得が生じず法人税額がない場合、防衛特別法人税の税額も生じません。ただし対象となる法人は、税額が0円であっても確定申告書を提出する必要があります。

中小企業経営強化税制は2027年4月以降も使えますか？

現在示されている適用期限は2027年3月31日までであり、 期限後の適用を前提に計画を立てるのは避けてください 。

現時点で公表されている適用期限は2027年3月31日までです。過去には延長が繰り返されてきた制度ですが、延長が確定していない段階で期限後の適用を前提に計画を立てるのは避けてください。

即時償却と税額控除はどちらを選ぶべきですか？

即時償却は課税の繰り延べ、税額控除は税額そのものの減少という違いがあり、 当期と翌期以降の利益見込みで判断が変わります 。

当期に大きな利益が出ていて資金繰りを優先するなら即時償却、利益が安定していて長期的な税負担を抑えたいなら税額控除が向きます。即時償却は課税の繰り延べであり、税額控除は税額そのものの減少である点が判断の分かれ目です。

改正内容は今後変わる可能性がありますか？

大綱の内容は法案の成立を経て確定するため、 最終的な適用可否は法令と個別事情で確認してください 。

税制改正は大綱の公表後、関連法案の成立を経て確定します。金額基準や適用期限は最終的な法令で確認する必要があり、実際の適用にあたっては顧問税理士や所轄の税務署への確認をおすすめします。

契約や支出の前に論点を確認しておけば、選べる打ち手が広がります。

出典： 財務省｜令和8年度税制改正の大綱の概要 ／ 中小企業庁｜少額減価償却資産の特例 ／ 中小企業庁｜中小企業経営強化税制 ／ 国税庁｜税について調べる